Negativno mnenje o poslovanju Sove

Računsko sodišče je izvedlo revizijo pravilnosti poslovanja SOVE in OVSa v letih 2005, 2006 in prvi polovici 2007. Pregledali so finančno plat poslovanja, medtem ko mreža sodelavcev in vsebina delovanja niso bili predmet revidiranja.
Poročilo je zaradi varrnostne občutljivosti podatkov označeno s stopnjo tajnosti, zato ni javno dostopno. Pri Sovi je računsko sodišče pregledalo vse tri vrste izplačil: direktna proračunska izplačila, izplačila posebnega sklada in izplačila iz sredstev sklada oblikovanega iz sredstev mednarodnega sodelovanja. Pri OVS so pregledali samo sredstva posebnega sklada.
Računsko sodišče je ugotovilo nepravilnosti na področju, plač in zaposlovanja, javnih naročil in naročil zaupne narave, finančnega poslovanja, namenskosti porabe, računovodskega evidentiranja in z njim povezanega sistema notranjih kontrol in arhiviranja dokumentacije; med drugimi je potrdilo tudi večino nepravilnosti poslovanja o katerih so mediji glede poslovanja Sove že poročali.
Računsko sodišče je Sovi za poslovanje v revidiranem obdobju izdalo negativno mnenje, OVSu, kjer je bil obseg nepravilnost relativno nižji, pa mnenje s pridržkom. Med revizijo sta oba že odpravila dobršen del nepravilnost. Prav tako so bili določbam Zakona o javnih financah in Zakona o računovodstvu ustrezno prilagojeni interni akti. Za nepravilnosti, ki na Sovi niso bile odpravljene, ker njihova odprava zahteva daljši čas in za prilagoditve predpisov, ki so vezane na soglasja ustanovitelja, pa je računsko sodišče Sovi naložilo popravljalne ukrepe in ji za pripravo odzivnega poročila postavilo 90 dnevni rok.